Derinliğinden kasıt ana menüye bağlı olan alt menüleri almakta mı zorlanıyorsunuz? Biraz daha bilgi verirseniz sanırım uygun bir çözüm yolu bulabiliriz. Benim anladığım veritabanı sorgu sonucunu, sıradaki kayıdın alt menu(kategori ya da içerik de olabilir)’lerini alarak iç içer geçmiş bir array oluşturmak istiyorsunuz?

Bunun için iki fonksiyon oluşturabilirsiniz, birincisi id parametresini aldığı içerie ait alt içerikleri döndürür, gördüğüm kadarı ile verdiğiniz örnekde parent isimli bir alan var, bu o kaydın bağlı olduğu üst kaydı gösteriyor sanırım.

İkinci fonksiyon sıradaki içeriğe ait alt kayıt var mı yok mu kontrol yapan fonksiyon olur. Kısa bir örnekleme yaparsak.

function altMenuVarMi($parent)
{
    // varsayılan olarak false döndürelim
    $alt_menu= false;
    // gönderilen parent değişkenine bağlı içerik var mı sayalım
    $sorgu= mysql_query(sprintf("select COUNT(*) AS kayit from tree where parent_id = %d", $parent));
    $sonuc= mysql_fetch_assoc($sorgu);
    // eğer kayıt var ise
    if ($sonuc['kayit'] > 0)
    {
        $alt_menu= true; // true yani içerik var olarak işaret koyalım
    }

    return $alt_menu;
}
$dizi = array();
function Listele($hedef= 0, &$dizi)
{
    /*
     * hedef parametresi 0 dan büyük ise gönderilen değere ait alt kayıtları buluruz
     * eğer sıfıra eşit ise parent_id değeri 0 olan ana menü içeriklerini alırız
    */
    $sorgu = mysql_query(sprintf("select * from tree where parent_id = %d", $hedef));
    // eğer bir kayıt dönmüş ise
    if (mysql_num_rows($sorgu) > 0)
    {
        // kayıtları üzerine sıra ile döndüye girerek gerekli dizi yapısını oluşturalım
        while ($sonuc= mysql_fetch_assoc($sorgu))
        {
            // sıradaki kaydın bilgilerini dizimizde oluşturduğumuz yeni elemana ekleyelim
            // menu_3, menu_4, şeklinde dizi elemanlarımızı sıralıyoruz
            $dizi['menu_'.$sonuc["id"]]= array (
                'id' => $sonuc["id"],
                'parent' => $sonuc["parent_id"],
                'urun' => $sonuc["urun_id"],
                'tip' => $sonuc["tip"],
                'tip' => $sonuc["title"]
            );
            // bu menüye ait alt menüler için boş bir dizi oluşturalım
            $dizi['menu_' . $sonuc["id"]]['childs']= array ();
            // oluşturduğumuz bu childs elemanını Listele fonksiyonuna $dizi isimli değişkende referans olarak aktaracağız
            // bu sayede $dizi['menu_'.$sonuc["id"] elemanının childs elemanına ona ait alt menüleri eklemiş olacağız
            // öncelikle bakmamız gereken sıradaki elemana ait alt içerik var mı?
            if (altMenuVarMi($sonuc["id"]))
            {
                // şimdi childs elemanımıza alt içerikleri dolduralım
                Listele($sonuc["id"], &$dizi['menu_'.$sonuc["id"]]['childs']);
            }
        }
    }

    // sonuç olarak dizimizi döndürelim
    return $dizi;
}
print_r(json_encode(Listele(0, &$dizi)))

100% emin değilim çalığ çalışmayacağından fazla zamanım olmadığı için deneme ya da farklı şekilde örneklendirme şansım yok, ancak buna benzer bir şekilde istediğin iç-içe diziyi oluşturman mümkün.